悬雍垂的功能主要有：
1保护功能：由于软腭和悬雍垂的感觉和运动，协助吞咽反射，使食物不致返流到鼻腔。有学者通过动物实验，推测鼻腔及咽腔均存在有气流感受器，动物经气管造瘘口呼吸时，1～3s内，咽气道就关闭，而关闭气道造瘘口，迫使动物经口呼吸后2～20s内咽气道可重新开放，认为是气流刺激气流感受器的结果。有人观察UPPP术后行正压通气治疗，部分患者效果不良，认为系咽部气流感受器破坏过多所致。在医学研究中发现正常人及OSAS患者悬雍垂粘膜上皮细胞内均存在高浓度的中性肽链内切酶，OSAS患者含量较正常人有所下降，推测悬雍垂粘膜可能为气流感受器集中分布的部位。因此悬雍垂的保留对维持气道张力及咽腔正常生理功能有重要的作用。
2吞咽功能：吞咽在口腔内为随意运动，一旦进入咽腔，即为一短暂迅速的反射动作，持续时间不超过1s。食团最先接触到悬雍垂，引起吞咽反射，导致软腭封闭鼻咽，会厌封闭声门。在软腭封闭鼻咽的过程中，最先收缩的是悬雍垂肌，其收缩时变宽变短，遮盖大部分的鼻咽入口。
3呼吸功能：人类经口与经鼻呼吸的转换，主要在于腭咽的随意开闭。经鼻吸入的空气只达到75%的湿度饱和，软腭及悬雍垂粘膜腺体具有进一步加湿空气的功能。
4发音功能：发鼻音时（如汉语的/m/、/n/）需要腭咽开放，发其它音时则需要关闭腭咽，悬雍垂具有协助发音功能，切除悬雍垂的患者容易出现开放性鼻音。
