新生儿肝炎所致风疹或巨细胞病毒很可能发展一种脑感染，可能致使智力迟钝或脑瘫。新生儿肝炎起病于满月之内，故感染都可能于胎内多数由病毒引发。迄今为止尚有很多新生儿肝炎病因未明，乙肝病毒感染在亚洲相当常见。且经多发于婴幼儿早期，但并不诱发新生儿胆汁郁积，他们绝大多数无症状，而且在1岁以内肝脏功能正常。尽管在婴儿期可发生严重的急性或暴发性乙型肝炎，这些患儿在出生后2个月之内并不出现肝脏功能异常或黄疸。
多数婴儿巨细胞病毒性肝炎将会彻底治愈，很少或者完全没有疤痕。对肝脏来说，随着胆汁流动的改善，它的成长也会逐渐正常。但是，大约20%的婴儿由于受到肝炎的影响，将继续以发展为慢性（进行性）肝病和肝硬化。这些儿童的肝脏将可因为疤痕而变硬，并且半年以下大的婴儿的黄疸会不消散，说到底符合这些症状的婴儿将需要进行肝脏移植。
小儿慢性肝炎新生儿因为缺乏胆汁将没有办法消化脂肪，吸收脂溶性维生素（A，D和E及K），与此同时伴有肝脏细胞损伤。缺乏维生素D会引起骨质疏松与软骨发育不完善（佝偻病）。缺乏维生素A会影响正常生长和视力。维生素K缺乏会有易青紫及出血倾向，而缺乏维生素E会导致婴儿协调性变差。因为胆汁负责消除在体内的很多毒素，因此新生儿慢性肝炎也极有可能导致血液中积聚毒素，从而导致瘙痒，皮疹和过敏。
新生儿肝炎的如何防治：
1.使用乙肝疫苗做主动免疫现阶段选用的有血源疫苗与基因疫苗经使用比较觉着基因疫苗比血源疫苗更佳用量小安全性高（避免承受血源携带的其它极微量或未知微生物感染）使用的方法是对乙肝表面抗原阳性和（或）乙肝e抗原阳性的产母所生的婴儿按016程序（出生24h内1个月6个月）各注射1次乙肝疫苗12个月时随访测乙肝抗体（HBsAb）
2.用乙型肝炎人类免疫球蛋白（HBIG）作被动免疫
（1）对患有急性发作期或康复期乙肝和乙肝病毒携带的孕母分娩前3个月每月接种1次HBIG每次200U以期阻断宫内传染
（2）对上述孕母所生的婴儿于生后24h内1月龄6月龄各接种HBIG100U以增强婴儿的保护
（3）乙肝疫苗和乙肝人类免疫球蛋白的联合使用：采用同时不相同侧部位接种可使95%婴儿得到保护现在推荐使用的方法：出生后24h内1月龄6月龄时使用作不同侧肌注3～5年进行加强接种1次接种后6个月测HBSAg阳性示接种失败如15个月仍阳性示慢性携病毒者如15个月时HBSAg阴性抗HBs阳性示婴儿得到保护国内学者对宫内乙肝病毒感染的新生儿注射乙肝疫苗后经长期随访观察发现虽然近期无效但远期作用良好绝大多数婴儿在2岁前HBSAg转阴注射乙肝疫苗HBIG的婴儿HBSAg转阴更快。
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