慢性腹泻的病因一般病期在2个月以上，病因比急性的更复杂，因此诊断和治疗有时很困难。通常有以下几种病因导致慢性腹泻的出现：
1、消化不良：①胰消化酶缺乏，如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰瘘等；②双糖酶缺乏，如乳糖不耐受症等；③胆汁排出受阻和结合胆盐不足，如肝外胆道梗阻，肝内胆汁瘀积，小肠细菌过长（盲袢综合征）等。
2、小肠吸收面减少：①小肠切除过多（短肠综合征）；②近段小肠-结肠吻合或瘘道等。
3、小肠浸润性疾病：Whipple病、α-重链病、系统性硬化症等。
4、小肠吸收不良（1）原发性小肠吸收不良。（2）继发性小肠吸收不良。
5、运动性腹泻肠蠕动紊乱（多数为加速）引起，如肠易激综合征、胃大部切除术后，迷走神经切断后、部分性肠梗阻、甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等。
6、药源性腹泻①泻药如酚酞、番泻叶等；②抗生素如林可霉素、氯林可霉素、新霉素等；③降压药如利血平、胍乙啶等；④肝性脑病用药如乳果糖、乳山梨醇等。
而慢性腹泻病人饮食如何调理慢性腹泻指腹泻长达2--3个月以上者，引起慢性腹泻的原因很多，症状也不尽相同，但共同特点是病程长、消耗大、消化吸收能力差，故饮食原则应给予充足的热量、蛋白质、少渣低脂的平衡饮食为宜。可多选用易消化的谷类食物以提高碳水化合物和热量的需要，不宜食用粗粮。可用加餐以补充。选用含蛋白质较高、脂肪较低的肉类食品，如鱼类、鸡、瘦肉、脱脂奶及豆腐。适量应用在三餐中以利于提高蛋白质摄入。油脂应适当加以限制，选用易消化的植物油，不用动物油，采用节煮氽等方法以减少烹调用油量。限制膳食纤维量，应用质软易消化的菜果类，如嫩叶菜、冬瓜、胡萝卜、山药等含纤维较少的品种。有人主张水果用富含果胶的苹果煮软制成果泥应用，有改善症状的作用。
慢性腹泻是消化系统的一种常见疾病，一般病程在两个月以上，根据中医应辨证为脾胃虚寒证中西医结合治疗慢性腹泻。当属祖国医学的“泻泄”、“腹痛”范畴。证见:腹中疼痛、肠鸣下利、畏寒、肢冷、每食生冷食物即发作。久之伤及肾阳，可见脾肾阳虚，方用附子理中丸，温阳祛寒，益气健脾。为方便患者服用，用附子理中丸中成药大蜜丸，1丸，1日3次，连续服用，症状轻者服用7天，即可见疗效。症状重者可间断服用2个月～1年。期间可出现手足热，均属正常现象。若不能耐受，可停用2～3天后继续服用，直至畏寒症状好转后停用。再服用丽珠肠乐（双歧杆菌活菌制剂，每粒含青春型双歧杆菌0.5亿）。1粒，1日2次，10天为1个疗程，一般用1～2个疗程。
