由细菌侵入直肠周围间隙引起的局部脓液聚集，发生在有肛腺穿入肌肉的（括约肌）间隙内。
脓肿可为皮下脓肿，坐骨直肠窝脓肿，直肠后脓肿，粘膜下脓肿，骨盆直肠窝（肛提肌上）脓肿或肌肉间隙脓肿。常发生混合感染：大肠杆菌，变形杆菌，链球菌，葡萄球菌和拟杆菌为其主要的致病原因（参见第155节）。
浅部脓肿可非常疼痛；肿胀，发红，触痛是其特征。深部脓肿可引起中毒症状，但局部疼痛可能不太严重，外表可能无肿胀，但直肠指诊可发现有触痛的肿胀。高位骨盆直肠窝脓肿可能不引起直肠症状，但可伴有下腹痛和发热，可表现为原因不明的发热。炎症性肠病（如克罗恩病，尤其是结肠克罗恩病）有时可并发肛门直肠脓肿。
在确诊时几乎都有化脓。需立即切开并充分引流，不应等到脓液引流。抗生素治疗作用有限，但是对于发热或糖尿病患者或者当患者全身感染的表现尚不明确时，应用抗生素是适当的。引流后常可发生持久性肛门直肠瘘。
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