脓肿一旦确诊，多需手术切开引流。如感染未形成脓肿时，可采用非手术治疗：①应用抗菌药物，根据病情选用1～2种抗生素或清热解毒利湿的中药；②热水坐浴；③局部理疗；④口服缓泻剂以减轻病人排便时疼痛。
手术切开引流的方法，因脓肿部位不同而各异。表浅者局麻下进行，以波动明显部位为中心，作肛门考，试大收集整理周围放射形切口，要足够大，以保证引流通畅。坐骨直肠窝脓肿部位较深，范围亦大，应鞍麻下切开引流，切口应距肛缘3～5厘米，呈弧形，略偏后，切口大，术者手指能进入脓腔，保证引流通畅。骨盆直肠窝脓肿，由于肛提肌间隔，脓腔要在穿刺引导下引流，穿过肛提肌的切口也必须够大，其它一些脓肿均可经直肠切开引流，较低位的可在直视下进行，较高的需通过肛镜进行。
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