子显微镜来直接测量磷灰石结晶，发现结晶的成分并不单一。McCarty等人利用红外线研究关节液内的结晶，发现至少含有羟基磷灰石、磷酸八钙（octacalciumphosphate,OCP）、磷酸三钙（tricalciumphosphate,TCP）和颗粒状胶原（particulate，collagen）这些方法是很好的研究工具，但在临床上并不实用。
临床上，一般用放射学和关节液来音接诊断。
放射线学：沉积的碱性磷酸钙结晶在X线下，可呈现圆形或绒毛状钙化物，从数毫米到几个厘米大小不等，可以是单个钙化点或多个钙化点。虽然X线是很有用的诊断的工具，但在诊断碱性磷酸钙结晶性关节病变时，敏感性和特异性都不高。临床上常可见到无症状的关节旁钙化点。
关节液：虽然偏振光显微镜是很有用的诊断痛风和假性痛风的工具，但却无法用来诊断碱性磷酸钙结晶，因为单一结晶的大小（75―250mm）无低于光学显微镜的分辨范围。虽然有时结晶可聚集在一起，但因为它们的排列是随机的，所以不会呈现偏光性。在极少数状况下，几千个结晶恰好排列在同一个轴上，此时可出现偏光性。当大量碱性磷酸钙结晶聚集在一起时，光学显微镜下可看到发亮的线币状晶体。有人建议使用AlizarinredSstain将关节液染色，用作筛检碱性磷酸钙结晶的方法，这种方法虽然敏感性很高，但特异性并不高，易有假阳性。目前仍缺乏一个操作简单且特异性又高的方法来鉴定碱性磷酸钙结晶。虽然存在诊断困难，但碱性磷酸钙结晶和关节旁或关节内病变间的关系是可能确定的。
无论碱性磷酸钙沉积在哪个部位，都具有某些X线的共同表现，放射科医师常可依此特点，将它和其他疾病区分开来。碱性磷酸钙结晶沉积物，在X线下呈现均匀但不规则形状的沉积物，且无骨小粱（trabeculation）形成，使其很容易与异位性骨化或籽骨鉴别。沉积物的大小不一，大部分沉积物的形状略呈圆形，但也可呈线形或三角形，边缘清楚或不清楚。肌腱沉积物，大多靠近肌腱附着点。虽然关节旁是最常见的部位，但也可出现于距离关节较远的地方，例如臀大肌、内收肌和胸大肌的附着点处。
【鉴别诊断】
钙化性肌腱炎和滑囊炎必须下列三大类疾病进行鉴别。第一类为转移性钙化：为钙磷代谢异常所致，例如：肾性骨发育不全（renalosteodystrophy）、甲状旁腺功能低下、维生素D过多和类肉瘤病等。第二类为钙盐沉积病（calcinosis）：钙化现象发生在皮肤或皮下间质组织，但钙的代谢正常，例如全身间质性钙盐沉积病、硬皮病、皮肌炎和肿瘤性钙化症（tumoralcalcinosis）。第三类是营养不良性钙化（dystrophiccalification），即钙沉积在不能存活的组织，可为局部或全身性，例如沉积于退化坏死、肿瘤炎症、外伤、甚至寄生虫感染的组织。
钙化性肌腱炎和滑囊炎必须和软组织骨化相鉴别，骨化物可有骨小粱形成而钙化则无。软组织骨化，常见于外伤性骨化性肌炎（myositisossificans）、神经损伤、烧伤、软组织肉瘤，手术后伤疤、静脉曲张、甚至进行性骨化性肌炎。
肌腱和韧带附着处骨赘，可伴有骨小粱形成并向肌腱附着处延伸，易于和肌腱钙化相鉴别。
钙化性肌腱炎也可发生在二水焦磷酸结晶沉积病，此病可见到软骨钙化和肌腱钙化，常较弥漫且呈现长条形。碱性磷酸钙沉积常呈现圆形。
痛风和钙化性肌腱炎有时不易区分，临床上都有炎症，X线有时都有软组织肿胀和钙化，且对秋水仙碱治疗都有效。痛风有时可伴有骨侵蚀现象，而钙化性肌腱炎则无。
关节内碱性磷酸结晶沉积病的X线表现和退行性关节炎及二水焦磷酸钙结晶沉积病类似。在膝关节，碱性磷酸钙结晶造成的关节侵袭性病变常较退行性关节炎重，且发好部位在外侧胫股（femorotibial）关节或髌股（femoropatella）关节，而退行
