MVT大多数发生在肠系膜上静脉及其分支内，肠系膜下静脉血栓形成发生率仅为5%～6%。大肠因经肾静脉、脾静脉及半奇静脉与体循环间存在侧支循环，从而很少因MVT而发生肠梗塞。血栓常起源于系膜的弓状静脉，沿弓向前伸展。当肠系膜的直小静脉及肠壁下血管内血栓形成时，便可发生小肠出血性梗塞。MVT所致的小肠梗塞常是节段性的，少数为全小肠受累，其病理改变为肠粘膜下充血水肿，肠粘膜面出血及局灶性坏死。小肠壁增厚，其内充满黑色血液。梗塞的小肠与正常小肠间的界限为逐步过渡性。受累的肠系膜也明显增厚，厚达3～5cm，呈橡胶样变，系膜内有淤血斑块，切面有新旧血栓自横断的静脉内溢出。肠系膜小动脉常发生痉挛，但未闭塞。腹腔内有血性渗液。显微镜下，早期见小肠壁内明显出血灶，伴有粘膜损伤。晚期全层肠壁梗塞，静脉内充满新旧血栓。液体量的丢失是MVT的重要生理病理变化，患者表现为血液浓缩，少数可发生酸碱平衡紊乱。
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