当有室间隔缺损自然闭合可能时，中小型缺损可先在门诊随访至3岁，有临床症状如反复呼吸道感染和充血性心力衰竭时进行抗感染、强心、利尿、扩血管等内科处理。
大中型缺损有难以控制的充血性心力衰竭者，肺动脉压力持续升高超过体循环压的1倍或肺循环体循环量之比大于2：1时，应及时处理。
室间隔缺损治疗可依靠外科体外循环下直视手术修补，也可应用可自动张开和自动置入的装置（amplatzer装置）经心导管堵塞，是非开胸治疗的技术。
反复肺炎和肺动脉高压的室间隔缺损婴儿应尽早手术。选择适当的婴儿室间隔缺损手术时机，合理有效的围术期治疗，可提高治疗成功率。婴儿室间隔缺损手术一般时间在3岁以内，有肺动脉高压的6个月以上就可手术。身体质量5kg以下室间隔缺损较大且伴发肺动脉高压病儿，多易发生呼吸道感染，严重者可诱发心力衰竭，因此手术应尽早施行，既可避免心脏畸形对病儿生长发育的影响，又可减轻病儿家长的心理压力。
治疗室间隔缺损有两种方法，即手术治疗室间隔缺损与介入治疗室间隔缺损。在临床中由专业心脏医生根据具体情况选择治疗室间隔缺损方法。手术治疗室间隔缺损的费用2-3万，介入治疗室间隔缺损的费用一般3-4万。根据具体情况上下浮动。
手术治疗室间隔缺损：通过手术治疗室间隔缺损均需开胸，开胸途径可分正中入路和侧胸入路，但侧胸入路仅适用于部分室间隔缺损患者，而绝大部分室间隔缺损治疗都可通过胸骨正中入路进行手术操作。通常手术治疗室间隔缺损的时间在3岁左右，但如果患儿反复得肺炎、心力衰竭，药物治疗效果不好，不管年龄大小，应尽早手术。近年来由于先天性心脏病手术技术提高，当患儿肺炎、心力衰竭不能控制时，通过做手术术后反而易于控制。
手术治疗室间隔缺损适用范围较广，由于手术治疗室间隔缺损技术成熟，因此治疗效果好且安全性很高，但有一定的创伤，术后恢复时间较长，手术治疗室间隔缺损会留下手术疤痕影响美观。
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