临床上，很多疾病与小儿脑瘫症状有相似之处。例如：进行性肌营养不良、小儿麻痹症、先天性肌弛缓、进行性脊肌萎缩症、运动发育迟缓、佝偻病、狭颅症、脑积水、脑畸形、脑瘤、先天性髋关节脱位等，但是它们在本质上是不同的。它们的鉴别要点如下：
(1)进行性肌营养不良症。指肌肉处于一种逐年逐月变得无力的状况。这种患儿占瘫痪儿童的2.86%左右，大多由遗传因素造成，常常在3～5岁时出现早期症状，动作显得笨拙、迟缓，或由于脚无法放平而开始踮着脚走路，易摔跤。随后几年内，病情逐渐恶化，出现肌肉无力，最终变得无法行走，亦会出现关节的挛缩或畸形等。在体检时，腱反射不易引出，没有病理性反射。常见的早期表现为：患儿从地上爬起时，常需用手撑在大腿上才能站起。
(2)小儿麻痹症。主要是由于病毒感染所致，发病年龄主要是在8～24个月的婴儿，发生瘫痪的肢体多见于下肢，其膝腱反射或其他腱反射皆减弱或消失。此种瘫痪表现为弛缓型。另外此症一般不影响患儿的智力、思维、感觉系统，亦不会加重。
(3)进行性脊肌萎缩症。婴儿型脊肌萎缩症，于婴儿期起病，肌无力呈进行性加重，肌肉萎缩明显，腱反射减退或消失，常因呼吸肌功能不全而反复呼吸道感染。肌肉活检可助确诊。
(4)脑发育畸形。脑容易发生种种畸形，也可和颜面、脏器等畸形同时发生。其中，狭颅症患儿的头颅比同龄儿小，大脑亦相应小，表现为重症智力低下和痉挛型四肢瘫，并常常并发癫痫。脑畸形通常以智能低下为主，时而并发脑瘫，通过CT可以确诊。
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