本病病原体治疗首选吡喹酮。急性期成人总量120mg/kg，儿童140mg/kg，4～6天疗法。慢性期成人量60mg/kg，2天疗法。血吸虫肝硬化宜适当减量，延长疗程。外科治疗对合并血吸虫性肝硬化门脉高压症患者按门脉高压症治疗原则处理，对并发胆囊炎或胆管炎患者可行胆囊切除或胆道探查及引流术。值得强调的是由于血吸虫性肝硬化和门脉高压的存在，在肝门、胆囊和胆管周围有丰富的侧支循环血管网，使原本简单易行的胆囊切除和胆管探查术要冒大量失血的风险，切切不可小视。其次，勿忘术中必要的探查和对切下组织常规送病理学检查。如果术后经粪孵化法、直肠黏膜活检组织压片及虫卵染色法证实尚有活虫存在，或者病人将重返疫区生活，为达根治目的和预防复发，应进行杀虫治疗。
