本病预后与感染程度、病程长短、年龄、有无并发症、异位损害及治疗是否及时彻底有明显关系。本病的并发症主要如下：
1、上消化道出血
为晚期病人重要并发症，发生率10％左右。出血部位多为食管下端和胃底冠状静脉。多由机械损伤、用力过度等而诱发，表现为呕血和黑大便，出血量一般较大。
2、肝性脑病
晚期病人并发肝性脑病多为腹水型，多由于大出血、大量放腹水、过度利尿等诱发。
3、感染
由于患者免疫功能减退、低蛋白血症、门脉高压等，极易并发感染如病毒性肝炎、伤寒、腹膜炎、沙门菌感染、阑尾炎等。
4、肠道并发症
血吸虫病引起严重结肠病变所致肠腔狭窄，可并发不完全性肠梗阻，以乙状结肠与直肠为多。血吸虫病患者结肠肉芽肿可并发结肠癌，大多为腺癌，恶性程度较低。
