肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的。
(一)休息与营养。休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。
(二)抗结核化学药物治疗，是本病治疗的关键，其原则是：其原则为：早期、规律、全程，适量、联合。
一线抗结核药物有异烟肼，利福平，链霉素，吡嗪酰胺，乙胺丁醇，氨硫脲。
二线抗结核药物有对氨基水杨酸，丙硫异烟胺，阿米卡星，卷曲霉素，利福喷汀，利福布汀。
(三)对症治疗。腹痛可用抗胆碱能药物。摄入不足或腹泻严重者应注意纠正水、电解质与酸碱平衡紊乱。对不完全性肠梗阻患者，需进行胃肠减压。
(四)手术治疗。适应证包括：①完全性肠梗阻;②急性肠穿孔，或慢性肠穿孔瘘管形成经内科治疗而未能闭合者;③肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者;④诊断困难需剖腹探查者。
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