肠结核主要有两种并发症。
肠梗阻，是本病最常见的并发症，主要发生在增生型肠结核，往往系肠壁环状狭窄或腹膜粘连、肠系膜挛缩、肠袢扭曲变形引起，梗阻呈慢性进行性，以不完全性肠梗阻多见，轻重不一，少数可发展为完全性肠梗阻。肠梗阻最主要的临床症状是腹痛、呕吐、腹胀、停止排气排便四大症状。此外，肠梗阻的临床症状还有水、电解质和酸碱平衡紊乱，遇有绞窄性梗阻、肠坏死，可出现休克、腹膜炎和胃肠出血等表现。
肠穿孔，主要为亚急性慢性穿孔，可在腹腔内形成脓肿，破溃后形成肠瘘，急性穿孔较少见。常发生在梗阻近端极度扩张的肠曲，严重者可因肠穿孔并发腹膜炎或感染性休克而致死。肠穿孔的临床表现有：腹痛、腹胀，腹痛常突然发生，呈持续性刀割样疼痛，并在深呼吸与咳嗽时加重;疼痛范围与腹膜炎扩散的程度有关;全身感染中毒症状，如发热、寒战，心率加快，血压下降等中毒性休克表现;腹式呼吸减弱或消失，全腹有明显的压痛反跳痛，肌紧张板样强直，叩诊肝浊音阶消失，可有移动性浊音，肠鸣音减弱或消失。
