血吸虫肠病在诊断时，除了感染病史及临床症状外，还要依靠化学检查结果。主要的检查方法有以下几种。
1、粪便检查：从粪便中检出虫卵或孵出毛蚴可明确诊断。轻度感染者、晚期患者及治疗未愈合者，粪中卵数很少，检出率低，故粪检阴性不能排除血吸虫病。
2、肠粘膜活体组织检查：按常规将乙状结肠镜或直肠镜由肛门插入，先肉眼观察肠粘膜的改变。急性期以充血水肿为主，慢性期则粘膜苍白、肥厚，形成瘢痕。各期均可见典型的小结、小斑。然后夹取疑含虫卵结节的粘膜病变组织，压于两载玻片之间镜检。对未经治疗的患者，检出的虫卵不论死活，均有确诊价值；对有治疗史的患者的，则只有查见活卵或近期变性卵才有诊断意义。
3、免疫学检查：主要的免疫学检查有环卵沉淀反应试验、尾蚴膜反应、虫卵抗原间接血凝试验、血吸虫循环抗原(CAg)等。
