肛窦炎在临床上，以湿热下注，肛门热毒，阴虚内热和气虚下陷为多见。对不同的病因，则采取不同的治疗方法。
(1)清热利湿：凡出现肛门潮湿不适，偶有刺痛，便时加重，粘液量多，且大便次数增多;或腹痛即泻，泻下烙肛气秽，粪色黄褐;或心烦口渴，小便短赤，舌红，苔黄腻，脉濡滑的病人。多因湿热下注所致。
(2)清热解毒：凡出现肛门灼痛，皮肤红肿、糜烂，并感疼痛。便时加重;或腹泻、大便燥结，舌红、苔黄，脉数的病人，多因肛门热毒所致。治宜清热解毒。
(3)滋阴清热：凡出现肛门不适，似痛非痛，似胀非胀，便时痛胀加重，粘液混有血丝，或手足潮热、盗汗、口干;或大便秘结，舌红苔黄或少苔，脉细数的病人，多因阴虚内热所致。治宜滋阴清热。
(4)益气举陷：凡出现肛门坠肿不适，有时粘液溢出肛门外，质清稀;或面色恍白，少气懒言;或纳少便溏。舌质淡、苔白，脉细弱的病人，多因气虚下陷所致。治宜益气举陷。
如果肛窦炎尚未达到手术治疗的程度，可根据医生指导采取保守疗法：花椒煮水或中药(防风、白芷、川椒、黄柏、陈皮、甘草各10克，蛇床子8克，苦参18克，黄连6克，水煎两次，并取汁500毫升，100毫升/次，兑半盆温水)坐浴局部。肛门内注水抗素软膏，每日2～3次。同时可口服新癀片4片，2次/日，饮后服。同时治疗引起该病的腹泻等肠道感染，或使用缓泻剂，如麻仁润肠丸等，使粪便排泄正常。
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