婴儿肠痉挛的病因主要有肠道因素和非肠道因素，具体如下： 1、肠道气体产生过多，肠道气体有四大来源有吞下的气体、中和胃酸产生、从血中弥散而来以及细菌发酵产生。 2、肠道动力增高。 3、胃肠道激素。 4、饮食因素。一些研究显示，母乳喂养儿发生肠痉挛与母亲饮用奶有关，食物过敏可能是肠痉挛发生的一个原因。 5、其他因素。
