锥虫病发病机制不明，自死于该病的患者体内检出锥虫的阳性率并不高。此病的并发症如下。
1、充血性心力衰竭：慢性锥虫病多表现为心脏增大、心肌损伤广泛，同时心脏结构发生异常，加之长期的心律失常或室壁瘤的存在，在疾病的晚期可出现充血性心力衰竭。
2、心律失常：本病极易并发恶性室性心律失常，尤其多见室性期前收缩、室性心动过速、室颤等。2/3的患者有心脏传导阻滞，常为右束支传导阻滞等。
3、室壁瘤：在该病患者的心肌内可见心肌纤维化、心脏肥大、房室腔扩张、心尖部偶呈动脉瘤样突出与血栓形成。
4、栓塞：心尖部和心房内脱落的血栓可引起脑或肺栓塞，严重者发生猝死。
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