肠瘘在治疗上，应分清是先天性或后天性。而后天肠瘘应分清是内瘘或外瘘或内外瘘。当分清疾病的各个阶段后，结合临床表现，舌脉相参，辨证施治，方能奏效。
1、湿热蕴结
证候：腹痛、腹泻、脘腹胀闷，不思饮食，肛门灼热，或便脓血，舌红苔黄腻，脉滑数。
治法：清热化湿，止血凉血。
方药：白头翁汤（《伤寒论》）加减。白头翁12g、秦皮10g、黄柏10g、黄连10g、当归10g、赤芍12g、甘草9g。成脓肿者应加乳没、花粉、皂刺、贝母等。
2、瘀血内结
证候：腹痛腹泻，病程日久不愈，下腹疼痛，拘按，或有肿块，或无肿块，痛有定处，固定不移，或便脓血，舌质暗，有淤斑，或瘀点，脉涩。
治法：活血化瘀
方药：少腹逐瘀汤（《医林改错》）加减。当归12g、川芎10g、赤芍12g、延胡索12g、五灵脂6g、蒲黄10g、灶心土15g、干姜9g、小茴香10g、官桂3g。
3、脾胃虚弱
证候：腹部隐痛，经久不愈，肠鸣腹泻，或粪便中夹有不消化食物，纳呆胸闷，疲乏无力，舌淡苔白，脉濡缓。
治法：健脾和胃
方药：香砂六君子汤（《时方歌括》）加减。党参12g、白术12g、云苓15g、甘草6g、生姜9g、大枣10g、木香6g、砂仁6g。
4、气血两虚
证候：腹部隐痛，绵绵不断，面色不华，少气乏力，口淡消瘦，头晕目眩，心悸失眠，多梦，舌质淡苔白，脉细弱无力。
治法：补气摄血
方药：八珍汤（《正体类要》）加减。党参12g、白术12g、云苓16g、甘草9g、地黄12g、白芍18g、当归12g、川芎10g、阿胶10g、女贞子12g、苡仁30g。
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