典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。下列几点可作为诊断本病的依据。
1.临床表现有长期发热、盗汗、腹痛、腹泻（或便秘）的青壮年患者。
2.肺结核或其他肠外结核患者原病灶已好转，但消化道症状和结核毒血症状反见加重者。
3.右下腹肿块伴压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现者。
4.胃肠X线检查回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象者。
5.结肠镜检查可见黏膜充血、水肿、环形溃疡、炎性息肉及肠腔狭窄，并可取活检，若为干酪样坏死则可确诊为结核。
6.对于疑有肠结核的患者，在初步排除相关疾病后，仍难确诊时， 可给予抗结核药物，治疗4～8周，观察疗效，以帮助诊断。
