肠结核为消化系统结核中最常见者，绝大多数继发于肠外结核病，特别是空洞型肺结核。诊断肠结核的来源主要是食入性的。病理上分为溃疡型，增生型及混合型三型。
肠结核确诊应在肠黏膜组织中证实有结核杆菌的存在，如有下列情况，应考虑肠结核。
1.青壮年患者有肠外结核，尤其是开放性肺结核患者出现消化道症状，或原有病灶好转后又复出现结核的全身表现。
2.临床表现有腹泻，腹痛，右下腹压痛，也可有腹块，原因不明的肠梗阻，伴有发热，盗汗等结核毒血症状。
3.X线钡餐检查发现回盲部有激惹，肠腔狭窄，肠段缩短变形等征象。
4.结核菌素试验强阳性，对高度怀疑肠结核的病例，如抗结核治疗2～6周有效，可做出肠结核的临床诊断，如病变在回肠末段及结肠者，结肠镜检查及活检有助诊断和鉴别诊断，对诊断有困难者，主要是增殖型肠结核，有时需剖腹探查才能确诊。
鉴别诊断
1.克罗恩(Crohn)病本病的临床表现和X线钡餐表现有时可与肠结核相似，容易造成误诊，但两者仍有一些不同之处以资鉴别：
(1)肠结核多伴随其他器官结核。
(2)肠结核并发肠瘘，出血，肠壁或器官脓肿的机会比Crohn病少。
(3)X线检查结核造成肠道的缩短比Crohn病更明显，病变单纯累及回肠多见于Crohn病，而仅累及盲肠则多考虑为结核。
(4)内镜检查肠结核的溃疡常呈环形，而Crohn病的溃疡多为纵行，裂隙状溃疡及铺路石征多见于Crohn病。
(5)组织学(最重要的鉴别)肠结核可在肠壁或肠系膜淋巴结找到干酪坏死灶或结核杆菌而Crohn病则否。
(6)抗结核治疗肠结核有效，但Crohn病效果差。
(7)肠结核手术切除病变后的复发率比Crohn病低，Crohn病术后复发率在5年内一般达50％。
2.结肠癌本病因有腹痛，腹泻，腹块及进行性消瘦，苍白等表现，必须和肠结核加以鉴别，鉴别要点可包括以下几方面：
(1)发病年龄一般比肠结核大，常在40岁以上，且无肠外结核病变证据。
(2)病程有进行性发展趋势，一般无发热，盗汗等毒血症表现，而消瘦苍白等全身消耗症状比较明显。
(3)腹块开始出现时往往可以推动，其粘连固定不如肠结核显著，压痛常缺如，但表面呈结节感，质地较坚硬。
(4)X线检查的主要发现是病变部位有钡剂充盈缺损，但涉及范围较局限，不累及回肠。
(5)肠梗阻更为常见，且出现较早。
(6)纤维结肠镜检查可窥见肿瘤，在直视下取活检及细胞刷涂片均可证实结肠癌诊断。
3.肠淋巴瘤肠淋巴瘤为一般状况，恶化比肠结核迅速，腹块出现较早，X线显示扩张肠段黏膜皱襞有破坏，可伴有浅表淋巴结及肝脾肿大，肺门淋巴结肿大，抗结核治疗无效，如果病变在回盲部，结肠镜检查并活检往往会有阳性结果，倘若临床鉴别十分困难，应及早手术探查。
4.阿米巴或血吸虫肉芽肿肠阿米巴病或血吸虫病在其慢性期可以形成肉芽肿病变，特别是病变涉及回盲部者，常与肠结核的表现相似，应加鉴别，但是这些患者经追询病史均有流行病学和感染史，其脓血便均较肠结核为明显，大便检验可以查到阿米巴滋养体，包囊或血吸虫卵，必要时进行粪便孵化找血吸虫毛蚴，通过纤维结肠镜检查可窥见相应的病变，特异性治疗能够获得疗效。
5.溃疡性结肠炎并发逆行性回肠炎两者鉴别一般并无困难，本病的临床表现以脓血便为主，这在肠结核极为少见，溃疡性结肠炎如涉及回肠者，其病变必累及整个结肠，并且以乙状结肠，直肠最为严重，做直肠或乙状结肠镜与活组织检查可不难作出诊断。
6.耶尔森菌肠炎耶尔森菌最常侵犯末端回肠，使肠壁增厚，肠黏膜炎症改变，肠系膜淋巴结肿大，其表现与回肠结核相似，但耶尔森菌肠炎病程短暂，能自愈，与肠结核可以区分，如果在急性期取粪便，血液或组织标本培养，该菌可能阳性，血清凝集试验测定抗体滴度升高对诊断该病亦有帮助。
7.其他一些少见的疾病例如肠道非典型分枝杆菌病(多见于AIDS患者)，性病性淋巴肉芽肿，梅毒侵犯肠道，肠放线菌病消化性溃疡与胆道感染等，根据病史，体征和有关实验室检查及其他相应的辅助检查等可与肠结核相鉴别。
做好预防工作是防治结核病的根本办法。并着重对肠外结核的发现，特别是肺结核的早期诊断与积极的抗结核治疗，尽快使痰菌转阴，以免吞入含菌的痰而造成肠感染，必须强调有关结核病的卫生宣传教育。要教育患者不要吞咽痰液，应保持排便通畅，要加强卫生监督，提倡用公筷进餐，牛奶应经过灭菌消毒，接种卡介苗可增强人体对结核菌的抵抗力，有利于预防结核病的发生。
