继发性青光眼合并其他发育异常者，如Axenfeld-Rieger综合征、Sturge-Weber综合征及母体风疹综合征(maternal rubellesyndrome)等均可存在。此类异常多数致病原因与新生儿青光眼根本不同。且对用于治疗新生儿青光眼的房角切开术、外路小梁切开术等反应很差。偶有小梁发育不良(trabecular dysgenesis)与其他发育不良同时存在，可以用受损组织为同一神经嵴细胞来源解释。有些病例如青光眼合并Sturge-Weber综合征，其虹膜角膜角在组织学上与原发性婴幼儿型青光眼相同。在青光眼的病因上，上巩膜静脉压的增高可能是附加原因。母体风疹综合征的虹膜角膜角在临床上和组织病理学上均与新生儿青光眼相似。有些关于新生儿青光眼的报道，实际上是不明显的或临床症状不明显的母体风疹综合征。
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