潜伏期约3个月。临床表现应视囊尾蚴数量、寄生部位及人体反应性而异。感染轻者可无症状，仅尸体解剖时发现。根据囊尾蚴寄生部位分为脑囊尾蚴病、眼囊尾蚴病与皮肌型囊尾蚴病三种。
1.脑囊尾蚴病 临床表现轻重不一，以癫痫发作最常见，占52％～85％。根据囊尾蚴寄生部位及病理变化有如下4型：
(1)皮质型：占脑囊尾蚴病的84％～100％，囊尾蚴多寄生在运动中枢的灰质与白质交界处。如果虫数少又不活动，可无症状。若寄生于运动区，则以癫痫为突出症状，可有局限性或全身性短暂抽搐或癫痫持续状态。癫痫在脑囊尾蚴病中发生率为50％～93.5％，常为就诊时患者的主诉。严重感染者颅内压增高，可出现头痛、恶心、呕吐。长期颅内压增高，脑组织萎缩者可发生头晕、记忆力减退、视力障碍、视物变形、幻觉、精神异常、痴呆等表现。病程达数月至数年不等。
(2)脑室型：以第四脑室为多见。六钩蚴经血循环至脑室脉络丛，并随脑脊液至第四脑室。囊尾蚴阻塞脑室孔，故在早期出现颅内压增高综合征。囊尾蚴悬于室壁，呈活瓣状，患者急转头部可突发眩晕、头痛、呕吐或循环呼吸障碍而猝死，或发生小脑扁桃体疝，这种现象称Brun征，或体位改变综合征。患者常有颈强直，强迫头位。
(3)蛛网膜下腔型或颅底型：主要病变为囊尾蚴性脑膜炎。常局限在颅底颅后窝。初期有低热，临床上多以亚急性或慢性脑膜炎与蛛网膜粘连所致症状为主，有头痛、呕吐、颈项强直等颅内压增高综合征，以及眩晕、听力减退、耳鸣、共济失调、面神经麻痹等。预后较差。
脑脊液检查：脑脊液压力增高常在1.96～3.92kPa(20～40cm H2O)或以上，以1.96～2.45kPa(20～25cm H2O)为多。细胞数为(10～100)×106/L;蛋白质轻度增高，糖、氯化物在正常范围。Wibler(1980年)报道5例脑囊尾蚴病脑脊液，一般为淋巴细胞增多，伴有异常淋巴细胞，有2例嗜酸性粒细胞增多，认为具有特征性。
(4)混合型：以上各型混合存在，如皮质型和脑室型并存，症状最重。
另外，偶有囊尾蚴寄生于椎管，压迫脊髓，产生截瘫者。
2.眼囊尾蚴病 ：
占囊尾蚴病的1.8％～15％。囊尾蚴可寄生于眼内、外各处，以玻璃体及视网膜下多见。寄生于视网膜者可造成视力减退、视网膜剥离、失明;寄生于玻璃体和前房者，患者感觉眼前有黑点或黑影飘动;寄生于外眼部者可见结膜下或睑内包块结节。囊尾蚴眼内寄生常引起虹膜睫状体炎、脉络膜炎、眼压增高和继发性青光眼等。检眼镜、裂隙灯检查可见视网膜下或玻璃体内的囊尾蚴，呈一浅灰色圆形或椭圆形的囊泡，周围有红晕光环，可见虫体蠕动。
3.皮下组织及肌肉囊尾蚴病 ：
囊尾蚴寄生于皮下组织和肌肉，少者一两个，多者千余，呈结节肿块，黄豆大小，圆形或卵圆形，质地较硬有弹性，以头颈部及躯干较多，四肢较少，手足罕见。囊尾蚴结节与皮肤不粘连，不痛不痒，可分批出现，自行消失。肌肉内结节可引起肌肉肿胀，个别呈假性肌肥大，外形肌束丰满，而患者感疲乏无力。囊尾蚴死后发生钙化，X线检查可见钙化阴影。
B超检查皮下囊尾蚴结节显示圆形或椭圆形液性暗区，轮廓清晰，囊壁完整光滑，最大者2.3cm×1.2cm，最小为0.6cm×0.3cm，平均大小为1.18cm×0.68cm，囊内可见一强回声光团，位于中央或一侧，最大0.4cm×0.2cm，最小为0.09cm×0.09cm，平均为0.18cm×0.18cm。
此外，囊尾蚴还可寄生在舌、口腔、声带。若大量囊尾蚴感染者也可见于心、肝、肺、肾和腹腔等，但生前不易诊断，常在尸检时发现。
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