肾脓肿治疗主要是外科治疗，方法包括经皮肤穿刺囊液抽吸术、腹腔镜下囊肿开窗术、开腹囊肿开窗术等。经皮肤穿刺囊液抽吸术是最为常用的方法，具有方便、有效等特点，缺点是容易复发。腹腔镜下囊肿开窗术疗效较为确实，而且不易复发，对于多发性、累及左右肝脏的囊肿更能显示其优越性。开腹囊肿开窗术由于其创伤性大，疗效与腹腔镜技术比较无明显优越性，现基本不用。
