根据急性发热起病，口腔有丘疹水疱性损害及培养出柯萨奇或埃可病毒，即可诊断。它与一些口腔有水疱的病毒性疾病鉴别。实验室检查白细胞增高，取咽部疱液或大便，经组织培养或接种于乳鼠可得致病病毒，同时可取急性期及恢复期血清进行特殊的中和抗体、补体结合或血凝抑制试验，以助确诊。
可根据症状和特征性口腔损害作出诊断。最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不推荐常规采用。鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡)，复发性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部，而已一般无全身症状)。柯萨奇A组10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结。治疗为对症处理。
