化脓性颅骨骨髓炎及早应用强效广谱抗生素治疗，使炎症及时得到控制不再发展，效果较好。但在颅骨已遭到严重破坏及头皮形成慢性窦道时，则很难仅用抗生素及换药和简单的窦道搔刮术等方法治愈。因此对于那些已发展有慢性窦道及颅骨缺损的病人，需尽早采取手术治疗。
颅骨骨髓炎手术前需先行颅骨X光平片、CT、MRI检查，了解颅骨破坏的位置及范围，而后采取手术治疗，并使用抗生素预防感染。术后经多次换药，使新鲜肉芽组织自伤口底部向外生长，直至伤口愈合。
患者如并发脑脓肿应先行CT或MRI检查，了解脓肿的位置及大小，尽早行穿刺抽脓，如经多次抽脓无效时，应行开颅脓肿切除术，如脓肿为多房者，宜一次开颅切除。在并发化脓性脑膜炎时，除全身应用大剂量抗生素外，还应每2～3天行腰椎穿刺，了解脑脊液压力及细胞数，并行鞘内注射抗生素治疗。
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