中医学认为溃疡性结肠炎属于“痢疾”、“泄泻”、“肠风”、“下利”等范畴。在治疗方面，主张进行辨证治疗，主要分为：
肠道湿热证
主要症状有腹痛腹泻，便下脓血，便次较多，口干口苦，或有发热，舌质红，苔黄腻，脉滑数。
治法：清肠化湿。方剂：芍药汤。常用药物：黄连、黄芩、白芍、木香、甘草。临证加减：如大便带血，加地榆、仙鹤草、槐花;如热盛入络，出血不止，加水牛角片、赤芍、丹皮、生地、黑山栀;湿浊较重，舌苔垢腻，加石菖蒲、生苡仁、败酱草。
虚弱证
主要症状有腹部隐痛，大便溏薄，食欲不振，稍进油腻则腹痛腹泻，神疲乏力，舌质淡，体胖大，边有齿印，苔薄白，脉细弱。
治法：健脾化湿。方剂：参苓白术丸。常用药物：党参、白术、茯苓、山药、扁豆、薏苡仁、砂仁、陈皮、甘草。临证加减：如食欲不振，大便夹有不消化食物，加神曲、焦山楂;肝郁脾虚，腹部隐痛，痛则欲泻，合以痛泻要方(白术、白芍、防风、陈皮)加木瓜;脾肾两虚，大便稀薄，或五更黎明腹泻，畏寒怕冷，加理中丸(党参、干姜、白术、甘草)、四神丸(肉豆蔻、吴茱萸、五味子、补骨脂)。
肝肾阴虚证
主要症状有大便干结不畅，夹有粘液，或便下脓血，形体消瘦，口干，或有低热，舌质光红无苔有裂纹，脉细数。
治法：滋肾养肝。方剂：六味地黄丸。常用药物：干地黄、山茱萸、山药、茯苓、丹皮、枸杞子、白芍。临证加减：阴虚络涩不畅，腹痛或腹有包块加当归、桃仁、赤芍、莪术;阴虚血热，便夹鲜血，加二至丸(女贞子、旱莲草)、侧柏叶、地榆、仙鹤草;排便不畅，加决明子、何首乌、当归。
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