肝囊肿常见的并发症是破裂出血、细菌感染、瘘及穿透，罕见癌变。
囊肿感染
囊肿感染是多囊肝的少见并发症，近期有过腹部手术史肾移植和慢性炎症为其危险因素。表现为发热右上腹痛、血沉加快、血白细胞增多、血清碱性磷酸酶升高，较少有胆红素及谷草转氨酶的升高，绝大多数以大肠杆菌感染为主。CT检查发现囊肿内有气泡形成提示感染。如果近期有囊肿穿刺史或含气的胆管相通但CT上亦显示看到气体囊肿穿刺抽液有利于诊断治疗以囊液引流加抗生素治疗为主
其他并发症
多囊肝可并发肝静流出道阻塞，引发梗阻性黄疸。部分患者伴有先天性纤维化，发病年龄从出生到24岁不等，常伴有脾大及门脉高压表现。
