肝囊肿生长缓慢，所以可能长期或终生无症状，其临床表现也随囊肿位置、大小、数目以及有无压迫邻近器官和有无并发症而异。
先天性小肝囊肿常无症状，通常增大至相当大才有症状，包括上腹胀、痛、腹块、肝大，如合并感染则有发热、疼痛等炎症表现。
肝囊肿可以出现肝区疼痛，腹胀，有时囊肿突然增大或继发感染，可以突然发生腹痛加剧，或发烧。有时上腹部可触及包块，有的病人出现腹痛，呕吐，黄疸。肝囊肿加大压迫胃部时，患者可出现不敢正常进食或饱餐；挤压心脏时，可以出现心脏衰竭的症状，如胸闷、呼吸困难、咳嗽、咳痰等。
肝囊肿发生恶变，引发肝肿瘤时，一般会出现体重减轻、疲倦、贫血、腹痛及肝肿大等症状。一经发现就需积极治疗。
