甲状舌囊肿及瘘管诊断明确者，手术是惟一的根治手段。手术切除范围应包括甲状舌管囊肿、瘘管、舌骨中段部分及其所连的部分舌根组织。成人可采用局麻，儿童多采用全身麻醉。
1、手术时机的选择
诊断明确，可择期手术，年龄不是手术的禁忌证;合并有炎症感染，或有脓肿形成者，应予切开引流和抗生素治疗，在炎症静止期手术。
2、确定颈前正常位置有无甲状腺组织
部分患者甲状腺组织位于舌骨前(迷走甲状腺)，若将迷走甲状腺误诊为甲状舌骨囊肿而切除，术后可发生永久性甲状腺功能低下症。所以，术前作应常规行放射性核素131I检查或甲状腺B超，确认原位是否存在甲状腺，避免手术误切。此外，术中，亦可通过快速冰冻切片证实切除组织的性质，如为甲状腺组织，且原位又无甲状腺，需将已切除的甲状腺组织种植于颈部肌群内。
3、如何避免复发
切除囊肿或瘘管附着的舌骨中段是避免复发的关键。瘘管病例，可于术前一日在瘘管内注入少许美兰溶液，以利手术时辨认。囊肿和瘘管位于颈下部者，可在颈部作阶梯形切口，以利彻底切除。
