甲状舌管囊肿及瘘管的非手术疗法如用腐蚀剂烧灼瘘管效果欠佳，一般主张应手术彻底切除。其手术方法：
1、患者仰卧，肩下垫枕，头后仰。
2、切口在囊肿最隆起处，顺皮纹做横切口，如有瘘管则围绕瘘口做横梭形切口，分离上、下皮片。
3、暴露囊肿及分离瘘管。纵行分离胸舌骨肌，暴露出囊肿包膜。为确定瘘管的行程及深度，由瘘管口或囊肿内注入美蓝，以组织钳抓住囊肿或瘘管的皮肤开口向舌骨方向分离，术中应注意不要伤及喉上神经及血管。
4、切除舌骨中部。分离至舌骨体时，仔细检查管道盲端是否止于此处，若止于此处则将瘘管与囊肿一并切除。若管道绕舌骨上升，则应在舌骨中线两侧各0.7～1cm处切断，去除1.5～2cm长的舌骨。沿中线剪开舌骨舌肌，顺瘘管向舌体深部分离至舌根。此时食指伸入口内将舌根盲孔推向前下，在手术野后方可见一突起点，此时瘘管的终点，将瘘管剪除，以肠线缝合舌盲孔处缺损。
5、逐层缝合切口，并置橡皮引流条。
术后应注意清洁口腔和用抗生素或磺胺药控制感染。
