生殖器疱疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，治疗还不能彻底清除病毒，阻止疾病的复发。目前治疗分一般性治疗、抗病毒治疗，具体如下。
一、一般治疗
1、保持局部清洁、干燥及疱壁完整。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。
2、并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。
3、局部疼痛明显者，可用5％盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
4、精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理。
5、女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以排除子宫颈癌。
二、抗病毒药治疗
1、无环鸟苷：被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般患者可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
2、三氮唑核苷：是一鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
3、免疫刺激剂：口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。
