慢性粒细胞性白血病病人具有“费城染色体”(Ph 染色体)。每个有核细胞内都有染色体存在，Ph染色体是由于第22号染色体断裂造成的。慢性粒细胞性白血病病人的第9号染色体和第22号染色体上有一段交叉互换，第9号染色体的断裂和“ABL”基因相关，第22号染色体的断裂和“ BCR”基因相关。 当一段第九号染色体接到第二十二号染色体的末端时，形成BCR-ABL癌基因。 BCR-ABL癌基因能控制合成一种蛋白质，导致慢性粒细胞性白血病发生。
