生长激素缺陷（25%）：
垂体发育异常如：前脑无裂畸形、视一中隔发育不良、裂腭、下丘脑错构胚细胞瘤等。生长激素、生长激素释放激素缺陷。特发性生长激素缺乏症，部份患儿可见垂体发育不良。生长激素受体缺陷 laron综合征。胰岛素样生长因子1(IGF1)缺陷。
遗传因素（20%）：
常染色体隐性遗传I型：I A型GHI基因缺失；I B型CHl及其他基因突变、生长激素释放激素受体基因变异。
常染色体最性遗传Ⅱ型：GHI及其他基因变异。
x连锁遗传Ⅲ型。
颅脑损伤（15%）：
围产期损伤(臀位产、缺血缺氧、颅内出血等)；颅底骨折、放射线损伤、炎症后遗症等。
脑浸润病变如：肿瘤、Langerhans细胞组织细胞增生症等。
其他因素（10%）：
小于胎龄儿、生长激素神经分泌功能障碍、精神心理性矮身材、染色体畸变、骨骼发育障碍、慢性系统性疾病等。
