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一、菌群分析：为主要检查方法，有定性分析和定量分析2种。
1、定性分析：与一般微生物学检查相同，如葡萄球菌炎粪便涂片 革兰氏染色可发现成堆的阳性葡萄球及中性多形核细胞，粪便培养可有大量葡萄球菌生长，白色念珠菌性肠炎可采取其病理材料直接涂片，经氢氧化钾溶液处理并革兰氏染色，镜检可见成簇的卵圆形白色念珠菌，革兰氏染色阳性，细胞内着色不均匀，细菌培养可形成奶油色表面光滑细菌样落，带有酵母气味，但除三度比例失调（即菌群交替症）能检出外，其他比例失高则难以分析，因此，除定性检查外，尚需进一步作定量检查，以判断数值是否正常。
2、定量检查：首先需将粪质均质化，并按一定比例稀释，培养后还须计算各类细胞菌落计数以求出细菌总数值，手续麻烦，一般实验室很少采用，正常菌群分析所用的培养基，要求具有高度的选择性，如S培养基对肠道致病菌，伊红美蓝培养基对肠道需氧的革兰氏阴性杆菌，7.5%氯化钠琼脂对葡萄球菌，少鲍氏琼脂对真菌等，培养方法除需氧培养外，必要时尚需厌氧培养，需氧培养与一般细菌培养相同，厌氧培养则采用生物厌氧法或厌氧缸法。
二、结肠镜 检查：肠粘膜呈弥漫性充血，水肿，血管分支模糊不清或消失，有散在的糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。
