水污染（30%）：
随污染的水或食物进入消化道的伤寒杆菌大部分被胃酸杀灭，当进入机体的细菌数超过10万，或因某些疾病造成胃酸减少时，都有可能使一部分伤寒杆菌存活，通过胃酸屏障未被杀灭的肠寒杆菌进入小肠后，穿过小肠黏膜的上皮细胞或细胞间隙侵入肠壁淋巴组织，被吞噬细胞吞噬并在其中繁殖增生，部分细菌通过淋巴管进入肠系膜淋巴结大量繁殖，经由胸导管进入血液引起菌血症 ，伤寒杆菌随血流进入全身各器官，如肝，脾，肾，胆囊等，并在其中繁殖，被吞噬细胞吞噬的细菌再次入血引起第2次菌血症，激活已被致敏淋巴细胞而产生强烈的迟发性变态 反应。
溃疡侵犯（35%）：
肠伤寒的病理变化主要发生在距回盲瓣100cm以内的末段回肠，集合淋巴结因充血，水肿 及增生而肿胀 ，随淋巴集结坏死脱落而出现肠壁溃疡，溃疡侵犯血管可引起肠道出血，当溃疡深达肌层和浆膜层时，一旦肠腔内压力增高或肠蠕动亢进，即易引起急性穿孔。
