门静脉高压 （20%）：
多因各种病因的肝硬化及充血性脾大 所致，主要是由于门静脉压力升高，造成门静脉及其属支的向肝性血流的减少和血流速度的减慢造成涡流而致血小板堆积形成血栓。
腹腔感染（20%）：
为肠道感染性病灶的细菌进入门静脉系统所引起，如新生儿脐炎 ，脐静脉脓毒血症，成人常见的有急性阑尾炎 ，胰腺炎、胆囊炎、空腔脏器的穿孔，小肠炎性病变，腹腔盆腔脓肿 及腹部术后感染等。
其他因素（10%）：
处于高凝状态腹部肿瘤，特别是结肠及胰腺的肿瘤，常伴有门静脉系统的高凝状态，可导致血栓形成，近年来还发现遗传性凝血功能紊乱也参与门静脉血栓的形成，包括蛋白C，蛋白S和抗凝血酶缺陷等。
肿瘤等压迫门静脉肿瘤(如胰腺肿瘤，肝细胞癌)压迫，肠扭转 等导致门静脉系统血流受阻，致门静脉血栓形成。其他原因包括原发性小静脉硬化，脾静脉或肠系膜静脉血栓的蔓延，部分患者有长期服用避孕药史，少见的因素有各种充血性心力衰竭 ，红细胞增多症等。
