1923年Stevens首先描述，但迄今其病因尚未能完全阐明，目前的研究表明主要与以下原因有关：
泌尿系统感染（30%）：
患者尿道口组织的病理改变均为慢性炎症反应，多数患者尿培养可能阳性，46%为大肠埃希菌，18%为衣原体，厌氧菌培养可增加阳性发现，32%患者病因不确切。
尿道外口解剖异常（20%）：
如尿道处女膜融合，处女膜伞，小阴唇融合等，有报道，尿道外口至阴道口距离与尿道综合征关系密切，间距越近患病率越高，间距在3mm以下者患病率达72.15%。
尿道梗阻（15%）：如膀胱颈梗阻，尿道远端周围组织纤维化或括约肌痉挛导致远端尿道缩窄。
神经功能异常（10%）：
损伤，感染，X线照射等引起尿道内纤维组织增生，使神经发生异常反射。
心理因素（10%）：
如紧张焦虑，多疑及内向等心理状态是尿道综合征的易感因素。
其他（5%）：
如免疫因素，雌激素水平下降，镁离子缺乏，医源性因素等。
