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并发症最常见的为脑积水 ，脑实质损害，脑出血 及颅神经障碍等，前3种常为结脑的死亡原因，其临床表现为脑积水，去大脑强硬，肢体瘫痪 ，癫痫 ，失明，失语等。
1.常发生水，电解质紊乱：
(1)稀释性低钠血症 ：也称为脑性水中毒，由于丘脑下部视上核和室旁核受结核炎症渗出物刺激，使垂体分泌抗利尿激素(ADH)增加，导致远端肾小管回收水增加，造成稀释性低钠血症，临床上多为无明显症状者，称为无症状性低钠血症，如水潴留过多，可致水中毒，出现尿少，头痛 ，频繁呕吐，甚至惊厥昏迷 。
(2)脑性失盐综合征：由于间脑或中脑损害，调节醛固酮的中枢失灵，使肾上腺皮质分泌醛固酮减少，或因利钠因子过多，使肾小管钠回吸收减少，尿排钠增加，同时带出大量水分，造成脑性失盐综合征。
(3)其他：可有低钾血症 ，代谢性酸中毒 。
2.后遗症：严重后遗症多为脑积水，肢体瘫痪，智力低下 ，失明，失语，癫痫，尿崩症 ，早期结脑治疗后的后遗症少，晚期结脑治疗后发生后遗症者仍有2/3。
