1.饮食改变： 生后4~10个月，正是添加辅食及增加乳量的时期，也是肠套叠发病高峰期。由于婴儿肠道不能立即适应所改变食物的刺激，导致肠道功能紊乱，引起肠套叠。
2.回盲部解剖因素： 婴儿期回盲部游动性大，回盲瓣过度肥厚，小肠系膜相对较长，新生儿回肠盲肠直径比值1:1.43，而成人为1:2.5，提示回肠盲肠发育速度不同。婴儿90%回肠瓣呈唇样凸入盲肠，长达1cm以上，加上该区淋巴组织丰富，受炎症或食物刺激后易引起充血、水肿、肥厚，肠蠕动易将回盲瓣向前推移，并牵拉肠管形成套叠。
3.病毒感染 ：系列研究报道急性肠套叠与肠道内腺病毒、轮状病毒感染有关。
4.肠痉挛及自主神经失调： 由于各种食物、炎症、腹泻、细菌毒素等刺激肠道产生痉挛，使肠蠕动功能节律紊乱或逆蠕动而引起肠套叠。也有人提出由于婴幼儿交感神经发育迟缓，自主神经系统活动失调引起套叠。
5.遗传因素： 临床上发现有些肠套叠患者有家族发病史。
