真正病因不详，有两种学说。
一先天性
由于髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤的包涵物。但与婴儿的中线位肛后浅凹部位很少找到藏毛疾病的前驱病变，而在成年人确多见。
二后天性
认为窦和囊肿是由于损伤、手术、异物刺激和慢性感染引起的肉芽肿疾病。近来证实由外倍进入的毛发是主要病因。臀间裂有负吸引作用，可使脱落的毛发向皮下穿透。裂内毛发过多过长，毛顶部有滤过和浸软毛肤作用，毛发穿入皮肤，形成短道，以后加深成窦，毛根脱落到窦内也可使毛干穿透，在发病过程中可见运动改变（图2），但只有一半病例可发现毛发，此病多见于多毛平、皮脂过度活动、臀间裂过深和臀部常受伤的病人。汽车司机骶尾部皮肤常受长期颠波、损伤，可使皮脂腺组织和碎屑存积于囊内，引起炎症。美国陆军发生这种病较多，称为吉普病。常见的病菌有厌氧菌、葡萄球菌、链球菌和大肠杆菌。Rainsbury及Southan分析了静止的藏毛疾病，单个细菌不到半数，而厌氧菌占58%。奇怪的是葡萄球菌不常见，多数需氧菌为革兰阴性细菌。
藏毛囊肿如无继发感染常无症状，只是骶尾部突起，有的感觉骶尾部疼痛和肿胀。通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓肿，局部有红、肿、热、痛等急性炎症特点。多自动突破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，少数引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。
藏毛窦静止期在骶尾部中线皮肤处可见不规则小孔，直径约1mm～1cm。周围皮肤红肿变硬，常有瘢痕，有的可见毛发。探针探查可探入3～4mm，有的可探入10cm，挤压时可排出稀淡臭液体。急性发作期有急性炎症表现，有触痛和红肿，排出较多脓性分泌物，有时发生脓肿和蜂窝组织炎。
