传染性软疣以局部治疗为主。最简单的方法是消毒后将其挑破，挤出或挑出皮损中央的白色软疣小体，或用镊子夹住疣体将其拔除，然后涂2%的碘酒，并稍加压迫止血。也可用电灼法去除。数目多的宜分批治疗或加用抗病毒的口服或注射剂，外搽阿昔洛韦膏、干扰素、疣必治等也有一定疗效。
最近，英国杂志上介绍用10%的氢氧化钾溶液搽软疣，32例儿童患者在搽药30天后软疣消退，认为这是一种安全、有效、价廉及非侵入性的替代疗法。如果病人的免疫力低下或皮疹泛发，还需使用促使免疫功能增强的药物。
中药治疗传染性软疣以平肝解毒为主，可用去疣汤（熟地、白芍、首乌、生苡仁、板蓝根、大青叶、红花、桃仁等煎服）加减，同时用板蓝根、大青叶、野菊花、白藓皮等适量煎水外洗。
注意卫生、勤剪指甲、避免搔抓皮肤，不与患者共用衣物，对于预防该病有一定的作用。
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