术前放置鼻胃管减压纠正脱水与电解质失衡适量补充血容量保暖给予维生素K和抗生素
术时必须仔细探查有无其他先天性畸形如肠旋转不良和环状胰腺闭锁远端需注入生理盐水使之扩张顺序检查全部小肠有无多发性闭锁与狭窄根据畸形情况选择术式隔膜型闭锁应用隔膜切除术作切除时须慎防损伤胆总管入口处十二指肠近远两端相当接近或同时有环状胰腺者可作十二指肠十二指肠吻合术十二指肠远端闭锁与狭窄可选择十二指肠空肠吻合术但术后可产生盲端综合征亦可用十二指肠裁剪法将扩张段肠管用裁剪法整形吻合可以早期恢复十二指肠的有效蠕动提早进食日期减少并发症
有人主张胃造瘘可保证胃排空防止误吸并可将胃管通过吻合口进入空肠早日喂养亦可在空肠放置导管术后立即灌输营养液促使康复
十二指肠闭锁的处理相当困难疗效至今尚不满意死亡率在50%左右预后与确诊时间畸形程度多发性闭锁严重合并畸形早产儿或低体重儿等因素有关