凡有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，都应考虑肾结核的可能性。肾结核是慢性膀胱炎的常见原因，尤其是经抗感染治疗未见好转者，如合并终末血尿更应以肾结核为初步诊断面进一步检查。膀胱炎尿培养无细菌生长，则肾结核的可能性很大，但培养有细菌时，不能排除结核合并非特异性感染。
男性生殖系统结核病人必须检查尿内有无结核杆菌。下列检查有助于诊断：
1.尿检查 尿中找到结核杆菌对诊断肾结核有决定意义。肾结核尿检查特征是酸性尿，少量尿蛋白，有白细胞和少量红细胞或呈脓血尿。若尿存放过久也可因尿素分解转为碱性。尿找抗酸杆菌可以收集清晨第一次尿。因肾结核排出结核杆菌常为少量、间断排出，所以至少应查三次，检查时必须认真、细致，阳性率往往和检查者的经验、所花费的时间以及认真程度有关。但不能以尿涂片发现抗酸杆菌作为诊断的唯一依据。结核杆菌培养费时较长但可靠，动物接种近年已较少采用。应用PCR测定结核杆菌属实验研究，不能作为临床诊断标准。
2.影像学诊断 判断病变在何侧肾，损害程度，是确定肾结核治疗方案必不可少的检查方法。超声检查简单易行，可以初步确定病变部位，有无并发症。结核病可以便肾结构紊乱，如有钙化可以有强回声，超声检查也容易发现对侧肾有无积水，膀胱是否挛缩。x线检查：泌尿系统平片可能见到病肾钙化，甚至全肾钙化，以及钙化的淋巴结影像。局限的钙化灶应与肾结石鉴别。 泌尿系统造影在肾实质有明显破坏时才出现改变，早期表现肾盏边缘不光滑，如虫蛀状，继而肾盏失去杯形，形成空洞，如肾盏颈纤维化狭窄或完全堵塞时，可见空洞充盈不全或完全不显影，局限的结核性脓肿亦可使肾盏、肾盂变形，或出现压迹。如全肾广泛破坏时，由于肾功能低下或完全丧失，排泄性泌尿系统造影表现为“无功能”，不能显示典型的结核性破坏病变。逆行泌尿系统造影可以显示肾空洞性破坏，输尿管僵硬呈虫蛀状，管腔狭窄。CT和MRI：一般不用于肾结核诊断，主要因费用昂贵，但如果泌尿系统造影图像不清时，可以采用。MRI水成像对诊断肾结核对侧肾积水有特殊优越性。
3.膀胱镜检查 不常规采用。早期可见粘膜充血水肿，浅黄色粟粒样结核结节，尤其以膀胱三角区病侧输尿管口为著。后期有溃疡时，膀胱充水时容易出血，溃疡处肉芽组织可误诊为肿瘤，应取活组织进一步诊断。病侧输尿管口可以呈“洞状”，边缘不光滑，喷尿浑浊或不喷尿。可行输尿管插管，作逆行肾盂输尿管造影，造影前留肾盂尿进行常规检查、细菌培养、尿找抗酸杆菌检查。泌尿系统逆行造影影像优于排泄性泌尿系统造影，但该检查是有创检查。加上近年医学影像学的进步，已较少采用。 在临床上如果尿内找到结核杆菌，排泄性泌尿系统造影一侧肾正常，另侧“无功能”，虽造影未显示典型的结核破坏，已有足够资料确定诊断并切除“无功能”的病肾。 在双肾结核或肾结核对侧肾积水时，泌尿系统造影常显影不全，CT、MRl水成像可能有助于确定诊断。于此同时应检查肾功能，了解有无水电解质、酸碱平衡紊乱，并注意全身器官是否存在其他结核病灶。
肾结核的鉴别诊断主要是膀胱炎和血尿的鉴别诊断。
1.非特异性膀胱炎常突然发生，反复发作，时轻时重，血尿常与膀胱刺激症状同时发生，经过一般抗生素治疗好转。而肾结核引发的结核性膀胱炎从尿频开始，并持续逐渐加剧，并无发作性加重。血尿都在膀胱刺激症状一段时间后才出现。必须注意结核性膀胱炎有时合并非特异性感染。
2.尿道梗阻引起的膀胱刺激症状都在排尿困难症状以后才出现。
3.膀胱结石引起的膀胱炎在排尿时有尿线中断、伴尿道内剧痛。
4.膀胱癌的膀胱刺激症状常在血尿以后出现，可能因膀胱原位癌或膀胱三角浸润性癌引起。 肾结核引起的膀胱结核开始为尿频，持续性、进行性加重，血尿在膀胱刺激症状以后出现，终末血尿为主，可以和以上各种原因的膀胱炎和血尿鉴别。但最重要的是肾结核尿中有结核杆菌，其他膀胱炎不会发现。
