自20世纪初就已开始应用的饱和碘化钾溶液（SSKI）口服治疗孢子丝菌病，其治疗机制目前仍不清楚。通常起始剂量为5滴，tid。以后每周可增加5滴，一天最大量可达40～50滴，tid。总疗程3～6个月。该药口服过程中有很多副作用，有恶心、皮疹、发热、刺激性味道以及甲状腺肿大等，且溶液比胶囊、片剂更难掌握剂量1。
90年代三唑类抗真菌药物如伊曲康唑（ITR），已成为该型患者新的选择：100～200mgPd，餐时服用。如果采用口服液，则可空腹服用。疗程一般在3～6个月，在几项开放性试验研究中，其有效率接近90%～100%。Noguchi等2报道43例应用ITR治疗的皮肤型和淋巴管型孢子丝菌病的临床资料，平均剂量为100mgPd，平均疗程为11周，显效率达88%。
特比萘芬（TBF）也有效，Morishita等3总结了1993～1996年日本63例皮肤淋巴管型和固定型孢子丝菌病的治疗，TBF的平均剂量为125mgPd，平均疗程12.8周，总有效率为71.4%，低于ITR（86.6%）和SSKI（90.9%），如果提高TBF剂量达250mgPd，疗效可能会相应提高。以往TBF治疗孢子丝菌病仅限于个例报道及经验总结，近期Chapman等4进行的一项多中心、随机、双盲、对照研究显示，此型孢子丝菌病患者分别接受TBF500mgPd（28例）和1000mgPd（35例）的治疗，大多数患者12～24周后痊愈，两组的治愈率分别为52%和87%，具有显著性差异。分别对其进行24周的随访发现，500mg组有6例复发，1000mg组均无复发。以上研究显示，TBF治疗孢子丝菌病的疗效呈剂量依赖性，在一定范围内剂量越大，疗效越好。
目前还没有ITR和TBF的临床随机双盲对照研究，Kohler等5进行的一项关于ITR和TBF对孢子丝菌的体外抗真菌活性的研究中，采用NCCLS推荐的M27-A常量稀释法测定了二种药物对30株孢子丝菌酵母相的体外抗真菌活性，ITR的最小抑菌浓度（MIC）值波动于0.062～4.0μgPmL，而TBF的MIC值波动于0.007～0.50μgPmL。对其中10株动物分离株的体外药敏显示自猫分离的9株孢子丝菌均对ITR耐药，仅马分离株对其敏感，而人和动物分离株对TBF均很敏感。因此TBF显示出更强的体外活性，但其体外活性是否与临床疗效呈一致性尚需进一步研究。近年来偶可见到ITR治疗孢子丝菌病耐药的报告，Sandhu等6应用SSKI治疗1例ITR耐药的孢子丝菌病取得很好疗效。
氟康唑（FLU）治疗该型亦有效，但有效率较低，可作为孢子丝菌病治疗的二线药物。如果患者因为用药冲突或者不能耐受ITR和TBF，则可考虑应用FLU，但剂量至少应达到400mgPd7。二性霉素B（AmB）尽管有效，但由于毒性较大且需静脉给药，所以常不用于此型治疗。固定型有时还可尝试局部温热治疗。
采用这种治疗方式主要是由于孢子丝菌的某些自固定型皮损分离的菌株，当温度超过35℃时其生长受到抑制。热水澡、局部热敷和便携式加热器均可应用，但通常需要每天热疗至少1h，局部组织温度应达到42℃～43℃，连续数月。而且皮肤型的有效率远远高于淋巴管型。热疗一般只在孢子丝菌病合并妊娠，不宜采用其他抗真菌药物治疗时才考虑应用。
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