结、直肠黑变病是一种可逆性疾病，解除便秘及排粪困难的原因，如多吃蔬菜、水果等含纤维多的食物，以及多喝水、多锻炼，减少便秘或排粪困难。对引起排粪困难的直肠前突、直肠内套叠、耻骨直肠肌综合征等病应采取相应的治疗措施，如直肠前突修补、直肠内套叠固定术、耻骨直肠肌部分切除术，以恢复正常排便，防止泻剂的大量滥用是治疗黑变病的有效方法。已有报道因直肠前突及直肠内套叠长期服用泻药引起的结、直肠黑变病患者，行直肠前突修补及内套叠固定术后，排便正常，停服泻药1年后复查，黑变病消失。但对无服用泻药的结、直肠黑变中患者的治疗方法尚须结合病史、饮食习惯、生活方式等特点来进一步探讨。
结、直肠黑变病应与脂肪泻患者的“棕色肠道综合征”鉴别。脂肪泻患者是肠道平滑肌细胞核周围的色素沉着，呈棕褐色，肠粘膜固有层内无色素沉着。结直肠黑变病患者还应与制血性结肠炎，及肠粘膜下片状出血鉴别，后两种病变多较局限，并且病变粘膜呈紫红色。
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