胃肠道功能紊乱的临床特点，特别是病情常随情绪变化而波动，症状可因精神治疗如暗示疗法而暂时消退，提示有本症的可能性。
必须强调指出，在诊断此症前必须排除器质性疾病，尤其是胃肠道的恶性病变。以IBS为例，多数患者情绪紧张、就医时述诉繁多，滔滔不止，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏。医生首先应耐心听取和分析患者的陈述，仔细进行体格检查和常规化验，包括血常规、血沉、粪常规、粪隐血虫卵和细菌培养、纤维结肠镜及结肠气钡双重造影。除外结肠癌、炎症性肠病、憩室炎、痢疾等。有持续腹痛伴体重减轻者应作全消化道钡餐摄片除外克隆病，餐后持续上腹痛者作胆囊超声，怀疑胰腺疾患时作腹部CT及淀粉酶测定，怀疑乳糖酶缺乏症时应作乳糖耐量试验；小肠粘膜活检除外小肠粘膜疾病；结肠粘膜活检除外结肠炎。初步诊断为此症后，还须密切随访，经过一段时间，才能确保诊断无误。
神经性呕吐须与慢性胃病、妊娠呕吐、尿毒症等鉴别，还应除外颅内占位性病变。神经性厌食须与胃癌、早期妊娠反应、垂体或肾上腺皮质功能减退鉴别。
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