男性尿道炎以淋菌性和非淋菌性多见。要知道是什么原因引起的尿道炎是必须通过化验室的分泌物检查、培养而得知的(有些病人临床症状较典型，医生可以根据其症状判断出是何种致病菌感染)。有些患者可能有合并两种以上的致病菌感染，所以，在通过化验室的检查后可做相应的药物敏感实验，找到高效、有针对性的药物彻底杀菌，才是最好的方法。根据病原体行药物治疗。慢性尿道炎应去除诱因，如尿道狭窄、包茎等。
对菌下药就对了，依不同的细菌施以不同的抗生素和治疗模式，而且一定要治疗完全，否则当转为慢性时就很容易再发作，尤其在抵抗力差或喝酒时，复发更是容易。尿道炎若因为性接触而感染时，建议性伴侣双方要一并接受治疗，以免治疗好一方后又让另一位感染，无法真正断根治疗尿道炎。
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