此病需要与流行性脑膜炎鉴别：
突然寒战高热恶心呕吐流涕鼻塞咽痛全身疼痛头痛加重
面色苍白四肢发凉皮肤发花并有散在的小出血点唇周及指端青紫唇周单纯疱疹
烦躁不安谵妄昏迷或惊厥
皮肤粘膜瘀点典型或融合成瘀斑血压明显下降脉搏细速脉压差缩小
颈项强直角弓反张克氏征和布氏征阳性
瞳孔大小不等边缘不整对光反应迟钝眼球常凝视
呼吸快慢及深浅不均或呼吸暂停
幼儿发病多不典型常见高热呕吐嗜睡外还多见极度不安与惊厥拒乳尖叫腹泻咳嗽双目凝视颈项强直和布氏征阳性其他脑膜刺激征可能缺项前囟闭乾多见隆起呕吐频繁而失水者也可出现囟门下陷
实验室诊断
血象：白细胞数显著增高最高可达40×109/L中性粒细胞在80%-90%以上
疑为流脑者应做腰椎穿刺检查脑脊液（CS）压力常增高达1.96kPa以上;典型病例CS的外观混浊如米汤样甚或脓样;白细胞数增多可达每升数亿以多形核细胞为主;蛋白质显著增高可达1-5g/L;糖量常低于2.22mmol/L氯化物也稍降低CS涂片可在中性粒细胞内找到革兰氏阴性双球菌
从病人CS或急性期血液分离到流脑
从病人急性期血清或尿或CS中检测到流脑群特异性多糖抗原
检测病人恢复期血清抗体效价较急性期呈4倍或4倍以上升高
以PCR检测到病人急性期血清或CS中流脑的DNA特异片段
