尽管药物治疗阿米巴病还很有效，但阿米巴病的存在还是一个世界范围内的公共卫生问题，人们在治疗该疾病的同时，还要防止感染包囊，对粪便进行无害化发酵处理，杀灭包囊，保护水源、食物，并不断提高文化素质、环境卫生和驱除有害昆虫等措施均有利于对阿米巴病的控制。
由于阿米巴病造成较多的人死亡，且易成为艾滋病的伴随症，因此对它的预防也日显重要。研究重组或自然疫苗对阿米巴病的预防作用已广泛开始，但至今无抗溶组织内阿米巴疫苗在世界范围内被接受。首先有人报告应用滋养体或可溶性的阿米巴蛋白免疫实验动物，可获一定效果;溶组织内阿米巴多丝氨酸蛋白（SerineRichEntamoebahistolyticaProtein,SREHP）虽为表面蛋白，但主要分布在核或胞质，可作为口服疫苗而引导粘膜免疫反应，产生抗阿米巴分泌性IgA而阻止阿米巴吸附于肠粘膜上皮;溶组织内阿米巴表面半乳糖可抑制性凝集素，与阿米巴滋养体的吸附有关，已证实以该凝集素免疫的动物可以抑制阿米巴性肝脓肿的形成，重组的该蛋白的部分多肽也有明显的体内外抗阿米巴致病作用。该蛋白也具有口服疫苗的作用。目前认为多种重组阿米巴抗原组成的复合疫苗比单一抗原更具保护性作用。但是目前实验动物肝脓肿模型往往是将滋养体直接注射入肝脏，而不同于人类肝脓肿形成的机理。另外，目前实验室研究均用溶组织内阿米巴HM1:IMSS实验室株，血清学证实其高度保存着SREHP、表面凝集素等各类重要表位，但来源于这一虫株的重组抗原作为疫苗应用于临床阿米巴病中的效率如何值得探讨。
从致病机理方面考虑，口服疫苗将含有高效率的保护性作用，但问题是缺少有效的实验动物模型。所以研究者们在不断地探索和尝试，例如重组抗原在可食植物中表达，制成食品型的疫苗，也许是阿米巴病疫苗发展的另一条途径。DNA疫苗也许可以像对其他感染性疾病一样，用于阿米巴病。
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