本病主要应与尿道综合征.肾结核.肾小球疾病.前列腺炎.尿路结石.腹部器官炎症等鉴别.
（１）腹部器官炎症：有些尿路真菌感染病例主要表现为腹痛.恶心.呕吐.发热.血白细胞数增高.易误诊为急性胃肠炎.阑尾炎.附件炎等.若能及时查尿.易于鉴别.
（２）尿道综合征：在有尿道症状的妇女中.约70%的患者有脓尿和细菌尿.为真性尿路感染.而另外30%的患者.不是真正的尿路感染.而属于尿道综合征.这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染.
（３）尿路真菌感染还应与肾结核.肾小球肾炎.前列腺炎等疾病鉴别.后面将有详细叙述.
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